1. Wystawianie faktur VAT po wykreśleniu z rejestru

Deregistracja (wykreślenie z rejestru czynnych podatników VAT) ma charakter formalny i nie pozbawia podatnika jego materialnego statusu podatnika VAT w rozumieniu ustawy. Innymi słowy, jeżeli po wykreśleniu nadal prowadzi on działalność gospodarczą podlegającą opodatkowaniu, to w świetle art. 15 ust. 1 ustawy o VAT pozostaje podatnikiem VAT zobowiązanym do rozliczania podatku od dokonywanej sprzedaży.

Formalnie rzecz biorąc, wykreślony podatnik nie ma prawa posługiwać się statusem „podatnika VAT czynnego” do czasu ponownej rejestracji przez urząd. Wystawienie przez niego typowej faktury VAT w okresie wykreślenia jest więc nieprawidłowe – kontrahenci mogą mieć problemy z uznaniem takiej faktury, a organ podatkowy kwestionować prawo do odliczenia VAT (szczegóły w pkt 3). Prawo nie przewiduje jednak zakazu wystawienia faktury z VAT przez podmiot niezarejestrowany – jeśli to zrobi, pociąga to za sobą określone skutki. Przede wszystkim zgodnie z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, podmiot, który wystawił fakturę z wykazaną kwotą podatku VAT, ma obowiązek ten podatek zapłacić do urzędu. Podatnik wykreślony z rejestru może zatem fizycznie wystawić fakturę zawierającą VAT, ale musi liczyć się z obowiązkiem wpłaty wykazanego podatku do fiskusa.

Należy podkreślić, że brak rejestracji nie zwalnia z obowiązku opodatkowania sprzedaży po przekroczeniu limitu zwolnienia podmiotowego. Jeśli podatnik utracił prawo do zwolnienia z art. 113 ustawy (przekroczenie 200.000 zł obrotu w roku), to sprzedaż od nadwyżki jest opodatkowana VAT z mocy prawa. Mimo braku formalnego wpisu w rejestrze ciąży na nim obowiązek rozliczania podatku należnego od tych transakcji. Podatnik powinien więc uwzględnić VAT w cenach swoich towarów/usług i odprowadzić go do urzędu skarbowego, nawet jeśli formalnie nie figuruje w wykazie czynnych podatników VAT.

2. Dokumentowanie sprzedaży do czasu ponownej rejestracji

W okresie między wykreśleniem a ponowną rejestracją najlepszą praktyką jest wystawianie faktur bez wykazanego VAT, tj. dokumentów sprzedaży zawierających kwotę brutto (łącznie z podatkiem) lecz bez formalnego naliczania podatku VAT na fakturze. De facto takie faktury będą zbliżone do faktur wystawianych przez podatników korzystających ze zwolnienia z VAT – mogą zawierać adnotację o braku opodatkowania. Jest to rozwiązanie tymczasowe, ponieważ w świetle prawa podatnik przekroczył już limit uprawniający do zwolnienia podmiotowego (utracił zwolnienie z art. 113 ustawy o VAT). Formalnie nie ma on prawa posługiwać się zwolnieniem z VAT po przekroczeniu progu 200.000 zł, ale do czasu przywrócenia rejestracji nie może też legitymować się czynnym numerem VAT. W praktyce zatem:

• Nie powinien wystawiać standardowych „faktur VAT” (z wykazaną stawką i kwotą podatku), gdyż nie figuruje w rejestrze – takie faktury byłyby kwestionowane formalnie.
• Zamiast tego może wystawiać faktury uproszczone/rachunki dokumentujące sprzedaż bez wyszczególnionej kwoty VAT, ewentualnie z adnotacją o braku rejestracji VAT (co sygnalizuje nabywcy, że nie ma prawa do odliczenia w tym momencie).

Takie podejście chroni nabywców przed pochopnym odliczeniem podatku i odsuwa kwestie rozliczenia VAT na moment ponownej rejestracji sprzedawcy. Należy jednocześnie pamiętać, że podatek VAT od tych transakcji i tak będzie należny – urząd skarbowy może zażądać jego zapłaty za okres, w którym sprzedaż przekraczającą limit prowadzono bez rejestracji. W efekcie kwoty brutto z wystawionych faktur “bez VAT” będą traktowane jako zawierające w sobie należny podatek, który przedsiębiorca powinien następnie wyodrębnić i przekazać fiskusowi. Potwierdza to przykład praktyczny – podatnik wykreślony za brak deklaracji, który kontynuował sprzedaż, musi złożyć zaległe deklaracje i zapłacić zaległy podatek wraz z odsetkami za ten okres.

Alternatywnym rozwiązaniem jest wystawianie faktur już z wykazanym VAT nawet przed rejestracją i jednoczesne odprowadzanie tego podatku do urzędu (tj. zachowanie się tak, jakby rejestracja nastąpiła). W takim przypadku fiskus często dopuszcza rejestrację VAT z datą wsteczną, obejmującą okres, w którym podatnik faktycznie rozliczał podatek mimo formalnego braku rejestracji. Skutkuje to uznaniem ważności wystawionych faktur VAT po fakcie (po uzupełnieniu wpisu w rejestrze). Należy jednak liczyć się z tym, że do czasu formalnego potwierdzenia rejestracji, nabywcy nie powinni odliczać VAT z tych faktur, a organ może tymczasowo kwestionować takie odliczenie (więcej w pkt 3).

Podsumowując, w okresie przed ponowną rejestracją podatnik powinien dokumentować sprzedaż w sposób ostrożny: albo nie wykazywać VAT na fakturach, albo jeśli wykazuje podatek – niezwłocznie go odprowadzać i dążyć do legalizacji statusu (np. przez rejestrację wsteczną). Każdorazowo zaleca się poinformować kontrahenta o sytuacji, aby uniknąć nieporozumień co do prawa do odliczeń.

3. Skutki wystawienia faktury z VAT bez statusu czynnego podatnika

Wystawienie faktury z naliczonym VAT przez podmiot wykreślony z rejestru rodzi istotne konsekwencje zarówno dla wystawcy, jak i dla nabywcy takiej faktury:

• Obowiązek zapłaty wykazanego VAT przez wystawcę: Zgodnie z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, każda kwota podatku wykazana na fakturze staje się zobowiązaniem podatkowym. Bez względu na to, czy wystawca formalnie powinien naliczać podatek czy nie – jeżeli umieścił na fakturze kwotę VAT, jest zobowiązany ją wpłacić do urzędu skarbowego. Nieuregulowanie takiego wykazanego podatku grozi powstaniem zaległości podatkowej wraz z odsetkami i potencjalnymi sankcjami. W omawianym scenariuszu (przekroczenie limitu zwolnienia) zapłata tego VAT i tak byłaby wymagana, więc wystawienie faktury z VAT powoduje natychmiastowe ujawnienie i konieczność rozliczenia podatku należnego za daną sprzedaż.
• Brak prawa do odliczenia VAT przez nabywcę: Nabywca otrzymujący fakturę z naliczonym VAT od sprzedawcy, który w momencie sprzedaży nie figurował jako czynny podatnik VAT, nie ma pewności co do możliwości odliczenia podatku naliczonego. Polskie przepisy przewidują negatywne przesłanki odbierające prawo do odliczenia VAT, m.in. gdy: fakturę wystawił podmiot nieistniejący, gdy dokumentuje ona czynności niepodlegające opodatkowaniu lub zwolnione, albo gdy wystawiono fakturę do czynności, które faktycznie nie miały miejsca (art. 88 ust. 3a ustawy o VAT). Co prawda ustawa nie wymienia wprost faktury wystawionej przez podatnika wykreślonego z rejestru, jako podstawy odmowy odliczenia, jednak organy podatkowe zazwyczaj kwestionują prawo do odliczenia VAT z takich faktur, dopasowując stan faktyczny pod jedną z ww. przesłanek. Często traktuje się wtedy, że faktura dokumentuje sprzedaż zwolnioną lub że wystawca formalnie “nie istniał” jako podatnik, co odbiera nabywcy możliwość odliczenia.
• Formalna bariera rejestracyjna: Dodatkowo, art. 88 ust. 4 ustawy o VAT stanowi, że obniżenia kwoty podatku należnego (odliczenia) nie stosuje się u podatników, którzy nie są zarejestrowani jako czynni podatnicy VAT. Oznacza to, że dopóki sprzedawca pozostaje wykreślony (niezarejestrowany na dany moment), jego kontrahent nie powinien odliczać podatku z otrzymanej faktury, ponieważ formalnie VAT z takiej faktury nie podlega odliczeniu w deklaracji.
• Ryzyko dla nabywcy: W praktyce nabywca, który odliczyłby VAT z faktury wystawionej przez wykreślonego sprzedawcę, naraża się na zakwestionowanie tego odliczenia podczas ewentualnej kontroli. Fiskus może wtedy zażądać korekty i zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami po stronie nabywcy. Co więcej, taki nabywca musiałby dochodzić swojego prawa do odliczenia w postępowaniu spornym, argumentując, że transakcja faktycznie podlegała VAT i spełniono materialne przesłanki odliczenia (jak np. wykorzystanie zakupu do działalności opodatkowanej).
• Możliwość naprawy sytuacji: Warto zauważyć, że w orzecznictwie unijnym podkreśla się materialny charakter prawa do odliczenia – np. TSUE w sprawie C-400/98 stwierdził, że brak formalnej rejestracji nie wyklucza prawa do odliczenia podatku naliczonego, jeśli dana transakcja faktycznie podlegała opodatkowaniu. Jednak skorzystanie z tego prawa wymaga usunięcia przeszkód formalnych – podatnik musi stać się zarejestrowanym “czynnym” podatnikiem VAT i dopiero wtedy może ująć podatek naliczony w deklaracji. W praktyce oznacza to, że nabywca będzie mógł bezpiecznie odliczyć VAT z faktury dopiero, gdy sprzedawca odzyska status czynnego podatnika (rejestracja zostanie przywrócona lub dokonana na nowo), a sam sprzedawca wykaże tę sprzedaż w złożonej deklaracji. W przypadku ponownej rejestracji sprzedawcy z datą wsteczną (przywrócenia do rejestru, patrz pkt 4) odliczenie VAT przez nabywcę może zostać uznane za prawidłowe, ponieważ sprzedawca będzie traktowany jak czynny w momencie transakcji.

Podsumowując konsekwencje: wystawca faktury ponosi bezwzględny obowiązek zapłaty wykazanego VAT (co pokrywa się z jego rzeczywistym obowiązkiem podatkowym, jeśli przekroczono limit zwolnienia), natomiast nabywca do czasu uregulowania statusu sprzedawcy nie ma prawa do odliczenia podatku z takiej faktury. Taka faktura jest dla nabywcy ryzykowna – w najlepszym razie będzie musiał poczekać z odliczeniem, w najgorszym w ogóle nie odliczy VAT, jeśli organy nie uznają później jego prawa. Zalecana ostrożność to niedokonywanie odliczeń z faktur od wykreślonego podatnika aż do potwierdzenia przez urząd jego rejestracji (przywrócenia na liście VAT).

4. Obowiązki formalne przy odzyskiwaniu statusu podatnika VAT

Aby odzyskać status czynnego podatnika VAT, przedsiębiorca powinien podjąć niezwłocznie następujące kroki formalne:

1. Złożenie brakujących deklaracji VAT – podstawową przyczyną wykreślenia było niezłożenie deklaracji (art. 96 ust. 9a pkt 2 ustawy o VAT), więc podatnik musi dostarczyć wszystkie zaległe pliki JPK_V7 (deklaracje wraz z ewidencją) za brakujące okresy. Powinno to nastąpić jak najszybciej, najpóźniej wraz ze złożeniem wniosku o przywrócenie rejestracji.
2. Zapłata zaległego podatku wraz z odsetkami – do zaległych deklaracji należy dołączyć wpłatę należnego VAT za zaległe okresy (szczególnie za sprzedaż dokonaną po przekroczeniu limitu zwolnienia), powiększoną o odsetki za zwłokę. Uregulowanie zaległości podatkowej jest warunkiem wiarygodnego odzyskania statusu – pokazuje dobrą wolę i wypełnienie obowiązków materialnych.
3. Wystąpienie z wnioskiem o przywrócenie rejestracji (VAT-Z) – ustawa przewiduje mechanizm przywrócenia do rejestru VAT bez konieczności ponownej rejestracji od zera. Zgodnie z art. 96 ust. 9h ustawy o VAT, podatnik wykreślony z urzędu może w terminie 2 miesięcy od dnia wykreślenia złożyć do naczelnika US wniosek o przywrócenie jako podatnika VAT czynnego, wykazując że prowadzi opodatkowaną działalność oraz dołączając brakujące deklaracje. We wniosku należy udowodnić faktyczne prowadzenie działalności gospodarczej (np. przedstawić dowody sprzedaży, umowy z kontrahentami, faktury zakupu itp.), co potwierdzi, że wykreślenie nastąpiło omyłkowo lub nadgorliwie. Jeżeli wniosek zostanie złożony w terminie i spełnia warunki (komplet deklaracji, zapłata podatku, dowody działania firmy), naczelnik urzędu skarbowego ma obowiązek przywrócić podatnika do rejestru VAT czynnych. Dzieje się to bez konieczności składania nowego formularza VAT-R. Przywrócenie wpisu następuje z tą samą podstawą prawną rejestracji co poprzednio i zasadniczo powoduje, że podatnik ciągłość rejestracji zostaje zachowana (w praktyce urząd aktualizuje status na liście podatników VAT).
4. Ponowna rejestracja (VAT-R) – w razie przekroczenia terminu – jeśli podatnik nie zdąży złożyć wniosku o przywrócenie w ciągu 2 miesięcy od wykreślenia, traci ustawowe prawo do automatycznego przywrócenia. W takiej sytuacji powinien złożyć standardowe zgłoszenie rejestracyjne VAT-R celem rejestracji na nowo jako podatnik VAT czynny. We wniosku VAT-R należy wskazać jako datę obowiązku podatkowego dzień, w którym faktycznie utracono zwolnienie (lub bieżący – urząd może nie chcieć rejestrować wstecznie po upływie 2 miesięcy). Niezależnie od przyjętej daty rejestracji, podatnik pozostanie zobowiązany do rozliczenia VAT za okres, gdy działał bez rejestracji, ale formalnie status czynnego podatnika uzyska dopiero od daty rejestracji. Należy liczyć się z pewną luką formalną – transakcje dokonane przed ponowną rejestracją były opodatkowane z mocy prawa, ale w okresie, gdy podatnik nie figurował w rejestrze. Ich rozliczenie nastąpi poprzez złożenie zaległych deklaracji (korygujących ten okres), natomiast faktury wystawione w tym „okresie próżni” mogą wymagać potwierdzenia (np. wystawienia duplikatów lub not korygujących po rejestracji, aby kontrahenci mogli je ująć do odliczenia).

Po złożeniu wniosku o przywrócenie bądź nowej rejestracji warto monitorować decyzję urzędu skarbowego. Przywrócenie do rejestru powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak organ może zażądać dodatkowych wyjaśnień lub dowodów. Jeśli urząd odmówi przywrócenia (np. uzna, że podatnik nie prowadził faktycznie działalności albo spóźnił się z wnioskiem), pozostaje rejestracja od podstaw. W obu przypadkach, po uzyskaniu statusu czynnego podatnika VAT, należy dopełnić bieżących obowiązków: regularnie składać deklaracje (JPK_V7), prowadzić ewidencję sprzedaży i zakupów, a także pilnować limitów zwolnień w przyszłości, by nie doprowadzić ponownie do podobnej sytuacji.

5. Konsekwencje braku rejestracji po przekroczeniu limitu z art. 113

Niedopełnienie obowiązku rejestracji do VAT po utracie zwolnienia podmiotowego (przekroczeniu rocznego limitu 200.000 zł sprzedaży) naraża podatnika na poważne konsekwencje podatkowe i karne skarbowe. Kluczowe następstwa to:

• Obowiązek zapłaty zaległego podatku VAT z odsetkami: Podatnik, który przekroczył limit i nie zarejestrował się, a więc nie odprowadzał należnego VAT od kolejnych transakcji, musi liczyć się z tym, że urząd skarbowy prędzej czy później upomni się o ten podatek. Cała sprzedaż dokonana powyżej 200.000 zł limitu będzie traktowana jako opodatkowana – organ podatkowy ustali zaległość podatkową od tych transakcji. Konieczna będzie zapłata zaległego VAT wraz z odsetkami za zwłokę (naliczanymi od momentu, kiedy podatek powinien zostać wpłacony do US). W praktyce, jeśli podatnik nie doliczał VAT do cen (działając tak jakby wciąż był zwolniony), zapłata zaległego podatku nastąpi z jego własnych środków, co zmniejszy dochód ze sprzedaży tych towarów/usług o kwotę VAT. Warto zaznaczyć, że organy podatkowe mogą też zastosować sankcję dodatkowego zobowiązania podatkowego – np. dodatkowe 30% kwoty zaniżonego podatku (zgodnie z art. 112b ust. 2 pkt 1 lit. b ustawy o VAT, jeśli zaniżenie zostanie stwierdzone w wyniku kontroli), chyba że podatnik skoryguje rozliczenia zanim urząd wszczął czynności sprawdzające.
• Odpowiedzialność karna skarbowa: Brak rejestracji połączony z niewykazywaniem i niepłaceniem należnego VAT jest kwalifikowany jako „nieujawnienie podstawy opodatkowania” lub uchylanie się od opodatkowania. Z perspektywy Kodeksu karnego skarbowego jest to czyn zabroniony (art. 54 §1 KKS), który – w zależności od skali uszczuplenia podatku – może być traktowany jako wykroczenie lub przestępstwo skarbowe. Organy w praktyce stwierdzają, że brak rejestracji, niezłożenie deklaracji i niezapłacenie podatku stanowią nieujawnienie podstawy opodatkowania. Jest to jedno z najpoważniejszych naruszeń obowiązków podatkowych. Grożą za to surowe kary: przeważnie wysoka grzywna pieniężna, która w przypadku przestępstwa skarbowego może sięgać kilkuset stawek dziennych (liczonych od minimalnego wynagrodzenia). W skrajnych wypadkach (gdy kwota niezapłaconego podatku jest bardzo duża – znaczna wartość uszczuplenia) sąd może orzec nawet karę pozbawienia wolności do 5 lat. Dla mniejszych kwot (wykroczenia skarbowe) przewidziane są kary grzywny do maksymalnie 720 stawek dziennych albo kara ograniczenia wolności. Przykładowo, jak podaje oficjalny serwis biznes.gov.pl, brak rejestracji mimo obowiązku jest traktowany jako przestępstwo skarbowe zagrożone grzywną, a nawet karą ograniczenia wolności w poważniejszych przypadkach.
• Utrata prawa do odliczenia VAT naliczonego w okresie braku rejestracji: Podatnik, który nie zarejestrował się na czas, traci możliwość odliczania VAT od zakupów dokonanych w okresie, gdy formalnie nie był czynnym podatnikiem. Zgodnie z wcześniej wspomnianym art. 88 ust. 4 ustawy, niezarejestrowany podatnik nie może obniżyć podatku należnego o podatek naliczony. W praktyce VAT zapłacony w cenach towarów i usług nabywanych do działalności w tym okresie staje się dla niego kosztem (do czasu aż się zarejestruje i ewentualnie dokona odliczenia poprzez korektę – jeśli to możliwe). Innymi słowy, przedsiębiorca, który przekroczył limit i nie zarejestrował się, ponosi pełny ekonomiczny ciężar VAT zarówno od swojej sprzedaży, jak i od zakupów, dopóki nie unormuje statusu.
• Kontrole i utrata wiarygodności: Taki podatnik może spodziewać się wzmożonej uwagi ze strony fiskusa. Przekroczenie limitu bez rejestracji często wychodzi na jaw przy okazji analiz JPK_VAT kontrahentów (brak wpisu w wykazie czynnych podatników, podczas gdy inni zgłaszają zakupy od niego) albo przy czynnościach sprawdzających. Skutkować to może kontrolą podatkową lub celno-skarbową, podczas której szczegółowo przeanalizowane zostaną rozliczenia firmy. Oprócz dopłaty podatku i kar finansowych, ryzykuje się utratę wiarygodności w oczach kontrahentów – figurowanie jako wykreślony czy niezarejestrowany na „białej liście” Ministerstwa Finansów może odstraszać potencjalnych klientów (zwłaszcza biznesowych, którzy obawiają się braku prawa do odliczenia).

Podsumowanie: Brak rejestracji mimo utraty zwolnienia z VAT jest bardzo ryzykowny. Podatnik zostanie obciążony nieuchronnie zaległym VAT z odsetkami, a ponadto grożą mu dotkliwe kary – zarówno administracyjne (dodatkowe zobowiązanie podatkowe), jak i karno-skarbowe (grzywny, a nawet ograniczenie wolności). W świetle aktualnego stanu prawnego (2025 r.) organy skarbowe traktują takie zaniechania jako poważne naruszenie, porównywalne z celowym uchylaniem się od opodatkowania. Dlatego należy dopełnić obowiązku rejestracji niezwłocznie po przekroczeniu limitu z art. 113 ustawy o VAT, aby uniknąć powyższych konsekwencji. W razie spóźnienia, im szybciej podatnik sam ujawni ten fakt (składając VAT-R i zaległe deklaracje), tym lepiej – może to złagodzić ewentualne sankcje.